东京，这座曾经拥有三千万人口、象徵人类文明巅峰的都市，现在正经历着一场超现实的「解构」。
「大黑夜」并未结束，但东京的天空却呈现出一种病态的暗紫sE。那并非光影，而是空气中密集的虚无奈米虫在高速运算时产生的辐S辉光。
「所有人……都消失了。」
结城由奈（Yuna）——曾是机械摩斯拉的驾驶员，此刻正独自走在银座的街道上。她奇蹟般地从那场毁灭X的JiNg神连结中幸存，但她的左手腕到肩膀处，已经覆盖了一层像黑sE电路板一样的晶T皮肤。
她看见路边的百货大楼不再是钢筋水泥。在黑雾的笼罩下，大楼的结构开始像冰淇淋一样融化、重组。玻璃幕墙变成了跳动的、带有黏Ye的「复眼墙」；钢铁支架则扭曲成了巨大的肋骨，将整座建筑撑开。
这不是毁灭，这是「重构」。
「虚无奇美拉……正在把东京变成它的神经中枢。」由奈低声呢喃。
她抬头望向远方，曾经的东京晴空塔（Skytree）已经面目全非。它现在是一座高达六百公尺、由纯粹的黑sE曜石与跳动的蓝sE神经组成的「虚无尖塔」。尖塔顶端不断喷S出黑sE的电磁云，这些云团像章鱼的触手般在大气中延伸，捕捉并数位化一切路过的有机生命。
街道上并非空无一人，但那些「居民」已经不再是人类。
他们化作了半透明的、闪烁着数位杂讯的幽灵，漫无目的地在重塑後的街道上行走。当两名「幽灵」碰撞时，他们会互相融合、崩解，然後重新组合成一种更扭曲的形态。
这就是虚无奇美拉的终极目标：将多元的生命简化成单一的、可控的数据流。
「昂——！！」
突然间，一声穿透了层层黑雾、带着燃烧气息的咆哮从东京湾传来。
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